(*) O Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades concede os certificados "Severo Ochoa" e "María de Maeztu" aos centros e unidades de investigação de excelência, respetivamente, em qualquer campo da ciência. Trata-se da máxima distinção no âmbito nacional para as entidades que promovem a excelência na investigação. Estes certificados de excelência são concedidos no âmbito de um concurso anual a um número reduzido de entidades durante um número limitado de anos. Transcorrido esse período, as entidades devem voltar a submeter-se a um processo de seleção competitivo para renová-los.
(**) A maior parte da investigação científica portuguesa é realizada nas Unidades de I&D e laboratórios associados, que são financiados e avaliados pela FCT. Existem atualmente 307 Unidades de I&D certificadas, onde trabalham cerca de 22.000 investigadores.
A investigação realizada nestas instituições abrange todos os âmbitos científicos, desde as ciências da vida e da saúde às ciências sociais e humanas, passando pelas engenharias, ciências exatas, ciências naturais e meio ambiente. As instituições são avaliadas regularmente pela FCT.